授課單位:計算機與通信工程學院

課程中文名稱: 基于統(tǒng)計推斷的生物信息學

課程英文名稱：Statistics inference for bioinformatics

授課內容及時間：

本課程主要研究生物信息學中的隨機模型，包括隱馬爾可夫模型、連續(xù)時間馬爾可夫鏈(泊松過程、生滅過程、聚合過程)及其在序列比對、基因預測、蛋白質網絡、系統(tǒng)發(fā)育樹重建等方面的應用。屬于生物學科與計算機學科的交叉研究領域，課程具體內容如下：

5月7日（周六） 上午9:00-10:30，雙序列比對，內容：序列比對的打分方法及算法，序列相似性的顯著性評價，雙序列比對的各種工具軟件

5月11日（周三） 上午9:00-10:30，多序列比對，內容：多序列比對的定義及算法，多序列比對工具。

5月14日（周六） 上午9:00-10:30，基因組拼接，內容：DNA測序的方法，DNA序列的組裝，基因組測序的策略和組裝。

5月18日（周三） 上午9:00-10:30，基因預測和隱馬爾可夫模型，內容：基因結構與功能的簡介，核酸序列預測與鑒定，應用隱馬爾可夫模型進行基因的預測。

5月21日（周六） 上午9:00-10:30，替代過程，內容：分子進化的基本概念及理論。

5月25日（周三） 上午9:00-10:30，分子進化的系統(tǒng)發(fā)育模型，內容：分子系統(tǒng)發(fā)育樹的基本概念和構建方法，系統(tǒng)發(fā)育樹的各種軟件及應用。

5月28日（周六） 上午9:00-10:30，模型選擇與驗證，內容：統(tǒng)計學習與推理基礎，統(tǒng)計模型與參數推斷。

6月1日（周三） 上午9:00-10:30，合并過程和物種樹估計，內容：物種樹的概念，物種樹的構建方法及示例。

6月4日（周六） 上午9:00-10:30，祖先重組圖，內容：祖先重組圖的概念及構建方法。

6月11日（周六） 上午9:00-10:30，系統(tǒng)發(fā)育網絡，內容：系統(tǒng)發(fā)育網絡的概念，系統(tǒng)發(fā)育網絡構建的常用方法，系統(tǒng)發(fā)育網絡的構建與應用。

6月18日（周六） 上午9:00-10:30，基因復制和生滅過程，內容：基因家族的概念，基因復制的概念，基因復制進化的理論。

6月25日（周六） 上午9:00-10:30，傳染病傳播網絡，內容：傳染病傳播的特點、模型，傳染病傳播網絡的構建方法及示例。

授課方式：線上教學，zoom會議，請加QQ群741349675。

授課教授：劉亮博士，佐治亞大學統(tǒng)計系暨生物信息研究所教授。

授課專家學術情況簡介：

劉亮教授是國際分子系統(tǒng)發(fā)育基因組學研究領域新型物種樹方法的創(chuàng)始人之一；曾獲2008年度國際系統(tǒng)生物學家協會優(yōu)秀科研獎；長期擔任Systematic Biology 、Bioinformatics、Journal of Mathematic Biology、Molecular Biology and Evolution、Molecular Ecology等國際知名SCI期刊的審稿人；在PNAS、Science、Systematic Biology、Molecular Biology and Evolution等國際一流期刊發(fā)表多篇高引用論文。

近三年為美國佐治亞大學研究生講授“Statistics inference for bioinformatics”、“Computing techniques in statistics II”、“Introduction to Grant Writing”等課程，為江蘇師范大學研究生講授“Statistical phylogenetics”、“R for bioinformatics”等課程；主持美國國家科學基金、澳大利亞研究理事會基金等項目三項；2017年至今文章被引用17556次，H指數30（根據Google scholar統(tǒng)計）。