授課單位:計算機與通信工程學(xué)院

課程中文名稱: 基于統(tǒng)計推斷的生物信息學(xué)

課程英文名稱：Statistics inference for bioinformatics

授課內(nèi)容及時間：

本課程主要研究生物信息學(xué)中的隨機模型，包括隱馬爾可夫模型、連續(xù)時間馬爾可夫鏈(泊松過程、生滅過程、聚合過程)及其在序列比對、基因預(yù)測、蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)、系統(tǒng)發(fā)育樹重建等方面的應(yīng)用。屬于生物學(xué)科與計算機學(xué)科的交叉研究領(lǐng)域，課程具體內(nèi)容如下：

5月7日（周六） 上午9:00-10:30，雙序列比對，內(nèi)容：序列比對的打分方法及算法，序列相似性的顯著性評價，雙序列比對的各種工具軟件

5月11日（周三） 上午9:00-10:30，多序列比對，內(nèi)容：多序列比對的定義及算法，多序列比對工具。

5月14日（周六） 上午9:00-10:30，基因組拼接，內(nèi)容：DNA測序的方法，DNA序列的組裝，基因組測序的策略和組裝。

5月18日（周三） 上午9:00-10:30，基因預(yù)測和隱馬爾可夫模型，內(nèi)容：基因結(jié)構(gòu)與功能的簡介，核酸序列預(yù)測與鑒定，應(yīng)用隱馬爾可夫模型進行基因的預(yù)測。

5月21日（周六） 上午9:00-10:30，替代過程，內(nèi)容：分子進化的基本概念及理論。

5月25日（周三） 上午9:00-10:30，分子進化的系統(tǒng)發(fā)育模型，內(nèi)容：分子系統(tǒng)發(fā)育樹的基本概念和構(gòu)建方法，系統(tǒng)發(fā)育樹的各種軟件及應(yīng)用。

5月28日（周六） 上午9:00-10:30，模型選擇與驗證，內(nèi)容：統(tǒng)計學(xué)習(xí)與推理基礎(chǔ)，統(tǒng)計模型與參數(shù)推斷。

6月1日（周三） 上午9:00-10:30，合并過程和物種樹估計，內(nèi)容：物種樹的概念，物種樹的構(gòu)建方法及示例。

6月4日（周六） 上午9:00-10:30，祖先重組圖，內(nèi)容：祖先重組圖的概念及構(gòu)建方法。

6月11日（周六） 上午9:00-10:30，系統(tǒng)發(fā)育網(wǎng)絡(luò)，內(nèi)容：系統(tǒng)發(fā)育網(wǎng)絡(luò)的概念，系統(tǒng)發(fā)育網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建的常用方法，系統(tǒng)發(fā)育網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建與應(yīng)用。

6月18日（周六） 上午9:00-10:30，基因復(fù)制和生滅過程，內(nèi)容：基因家族的概念，基因復(fù)制的概念，基因復(fù)制進化的理論。

6月25日（周六） 上午9:00-10:30，傳染病傳播網(wǎng)絡(luò)，內(nèi)容：傳染病傳播的特點、模型，傳染病傳播網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建方法及示例。

授課方式：線上教學(xué)，zoom會議，請加QQ群741349675。

授課教授：劉亮博士，佐治亞大學(xué)統(tǒng)計系暨生物信息研究所教授。

授課專家學(xué)術(shù)情況簡介：

劉亮教授是國際分子系統(tǒng)發(fā)育基因組學(xué)研究領(lǐng)域新型物種樹方法的創(chuàng)始人之一；曾獲2008年度國際系統(tǒng)生物學(xué)家協(xié)會優(yōu)秀科研獎；長期擔(dān)任Systematic Biology 、Bioinformatics、Journal of Mathematic Biology、Molecular Biology and Evolution、Molecular Ecology等國際知名SCI期刊的審稿人；在PNAS、Science、Systematic Biology、Molecular Biology and Evolution等國際一流期刊發(fā)表多篇高引用論文。

近三年為美國佐治亞大學(xué)研究生講授“Statistics inference for bioinformatics”、“Computing techniques in statistics II”、“Introduction to Grant Writing”等課程，為江蘇師范大學(xué)研究生講授“Statistical phylogenetics”、“R for bioinformatics”等課程；主持美國國家科學(xué)基金、澳大利亞研究理事會基金等項目三項；2017年至今文章被引用17556次，H指數(shù)30（根據(jù)Google scholar統(tǒng)計）。