授課單位:計(jì)算機(jī)與通信工程學(xué)院

課程中文名稱: 基于統(tǒng)計(jì)推斷的生物信息學(xué)

課程英文名稱：Statistics inference for bioinformatics

授課內(nèi)容及時(shí)間：

  本課程主要研究生物信息學(xué)中的隨機(jī)模型，包括隱馬爾可夫模型、連續(xù)時(shí)間馬爾可夫鏈(泊松過(guò)程、生滅過(guò)程、聚合過(guò)程)及其在序列比對(duì)、基因預(yù)測(cè)、蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)、系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)重建等方面的應(yīng)用。屬于生物學(xué)科與計(jì)算機(jī)學(xué)科的交叉研究領(lǐng)域，課程具體內(nèi)容如下：

5月7日（周六） 上午9:00-10:30，雙序列比對(duì)，內(nèi)容：序列比對(duì)的打分方法及算法，序列相似性的顯著性評(píng)價(jià)，雙序列比對(duì)的各種工具軟件

5月11日（周三） 上午9:00-10:30，多序列比對(duì)，內(nèi)容：多序列比對(duì)的定義及算法，多序列比對(duì)工具。

5月14日（周六） 上午9:00-10:30，基因組拼接，內(nèi)容：DNA測(cè)序的方法，DNA序列的組裝，基因組測(cè)序的策略和組裝。

5月18日（周三） 上午9:00-10:30，基因預(yù)測(cè)和隱馬爾可夫模型，內(nèi)容：基因結(jié)構(gòu)與功能的簡(jiǎn)介，核酸序列預(yù)測(cè)與鑒定，應(yīng)用隱馬爾可夫模型進(jìn)行基因的預(yù)測(cè)。

5月21日（周六） 上午9:00-10:30，替代過(guò)程，內(nèi)容：分子進(jìn)化的基本概念及理論。

5月25日（周三） 上午9:00-10:30，分子進(jìn)化的系統(tǒng)發(fā)育模型，內(nèi)容：分子系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的基本概念和構(gòu)建方法，系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的各種軟件及應(yīng)用。

5月28日（周六） 上午9:00-10:30，模型選擇與驗(yàn)證，內(nèi)容：統(tǒng)計(jì)學(xué)習(xí)與推理基礎(chǔ)，統(tǒng)計(jì)模型與參數(shù)推斷。

6月1日（周三） 上午9:00-10:30，合并過(guò)程和物種樹(shù)估計(jì)，內(nèi)容：物種樹(shù)的概念，物種樹(shù)的構(gòu)建方法及示例。

6月4日（周六） 上午9:00-10:30，祖先重組圖，內(nèi)容：祖先重組圖的概念及構(gòu)建方法。

6月11日（周六） 上午9:00-10:30，系統(tǒng)發(fā)育網(wǎng)絡(luò)，內(nèi)容：系統(tǒng)發(fā)育網(wǎng)絡(luò)的概念，系統(tǒng)發(fā)育網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建的常用方法，系統(tǒng)發(fā)育網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建與應(yīng)用。

6月18日（周六） 上午9:00-10:30，基因復(fù)制和生滅過(guò)程，內(nèi)容：基因家族的概念，基因復(fù)制的概念，基因復(fù)制進(jìn)化的理論。

6月25日（周六） 上午9:00-10:30，傳染病傳播網(wǎng)絡(luò)，內(nèi)容：傳染病傳播的特點(diǎn)、模型，傳染病傳播網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建方法及示例。

授課方式：線上教學(xué)，zoom會(huì)議，請(qǐng)加QQ群741349675。

授課教授：劉亮博士，佐治亞大學(xué)統(tǒng)計(jì)系暨生物信息研究所教授。

授課專家學(xué)術(shù)情況簡(jiǎn)介：

   劉亮教授是國(guó)際分子系統(tǒng)發(fā)育基因組學(xué)研究領(lǐng)域新型物種樹(shù)方法的創(chuàng)始人之一；曾獲2008年度國(guó)際系統(tǒng)生物學(xué)家協(xié)會(huì)優(yōu)秀科研獎(jiǎng)；長(zhǎng)期擔(dān)任Systematic Biology 、Bioinformatics、Journal of Mathematic Biology、Molecular Biology and Evolution、Molecular Ecology等國(guó)際知名SCI期刊的審稿人；在PNAS、Science、Systematic Biology、Molecular Biology and Evolution等國(guó)際一流期刊發(fā)表多篇高引用論文。

近三年為美國(guó)佐治亞大學(xué)研究生講授“Statistics inference for bioinformatics”、“Computing techniques in statistics II”、“Introduction to Grant Writing”等課程，為江蘇師范大學(xué)研究生講授“Statistical phylogenetics”、“R for bioinformatics”等課程；主持美國(guó)國(guó)家科學(xué)基金、澳大利亞研究理事會(huì)基金等項(xiàng)目三項(xiàng)；2017年至今文章被引用17556次，H指數(shù)30（根據(jù)Google scholar統(tǒng)計(jì)）。